前情提要：在水果世界中，当众水果过着安逸的生活的时候，殊不知真正的危机却是悄然降临，在第二次水果世界大战的时候，水果招生迫在眉睫，于是众果也是各使手段，却是被东方教主所创立的忍者学院吸引了人流，在参观忍者学院的时候，却是被刻意引导而发生了战斗，接着，随着菠萝吹雪等人上到第七层的时候却是发现东方求败打的果老和方丈丝毫没有还手之力，接着果老死亡，风清扬发疯指责果宝特攻为凶手，为了证明自己的清白三果再次踏上证明自己的道路与四大恶贼等人发生战斗，之后果老和风清扬发现四大恶贼的机甲竟然是来自人类世界，而他们还存活的消息也是被派出去的忍者得知，另一边，因为得到高人指点的小果丁的帮助最终从一个打酱油的阿婆手中得到了连珠的三果也是再次找上东方求败，结果不敌，三果被打下悬崖，这边在方丈等人打算去往人类世界寻找升级机甲的方法的时候，却遭到四大恶贼的堵截，为了让女果宝逃生，他们决定分头行动，结果因为果老等人整个山体出现雪崩，此时的女果宝已经知道真相，在被救后决定踏上为果宝特攻澄清的道理，在一番战斗后果宝再次重逢，而疑似已经死亡的小果丁也是再次出现，被菠萝小薇所救并对她暗生情愫，最后经历一番波折后八人再次齐心，合成果宝战神，与已经升级成为黄金版的魔霸天王对峙，在发动大招的时候再次被及时赶回来的果元天尊拦下，最后发现一切的一切都指向那位所谓的世外高人，身为忍者的龟太公，然而龟太公却是直接控制住了魔霸天王，面临花果山第七层即将倒塌的危机果元天尊决定扶着第七层，与龟太公战斗的重任便是落在果宝战神身上，众果没有退却却依旧不敌，战败后，所有的水果悍不畏死的冲向龟太公，被众果洗礼的果宝战神则是成功复活升级，然而依旧不敌，最终因为出自龟太公之手的炸弹被龟太公自己砍到最终龟太公败北，然而在众果以为一切结束的时候，在他们举行一年一度的发明大赛的时候，龟太公却是再次悄然回归，往七色彩莲中投放了毒药使得七色彩莲枯萎，受到好斗因子的影响果元天尊，魔霸天王和果宝战神不受控制的发生了战斗，就在众人以为一切都完了的时候原本枯萎的七色彩莲却是长出了三色莲蓬，上面的益果因子让众人脱离控制，但却无法阻止龟太公对三色莲蓬出...